Cała wojna została skrupulatnie udokumentowana przez historyka Tukidydesa w jego dziele Historia wojny peloponeskiej. Dzieło to zostało następnie opublikowane przez Ksenofonta w jego Historii Grecji.

Ateńskie Stowarzyszenie Marynarki Wojennej było ugrupowaniem wolnych państw greckich utworzonym po zakończeniu wojen grecko-perskich. Później stał się blokiem sił, który promował interesy Aten. Ateny zbudowały tak zwane "długie mury" łączące miasto z portem w Pireusie, czyniąc gminę odporną na ataki z lądu. Po drugiej stronie znajdował się blok peloponeski, któremu przewodziła Sparta.

Wojna między Atenami a Spartą między 457 a 446/445 r. p.n.e., wywołana ucieczką Megary do Aten, jest często uważana za preludium do całej wojny peloponeskiej.

Jednak początkowym impulsem do wojny był sojusz Teb (północnego sąsiada Aten) i Sparty, który był skierowany przeciwko Phocis (sojusznikowi Aten). Kiedy Sparta wysłała wojska do Boeotii, przeciwstawiły się im Ateny, które zostały pokonane przez Spartę (bitwa pod Tanagrą). Jednak dwa miesiące później Ateny pokonały Teby w bitwie pod Oinophyta i tym samym stały się dominującą potęgą w środkowej Grecji przez następne dziesięć lat. Później jednak Ateny musiały uznać autonomię Boeotii, doprowadzając wojnę do impasu. Następnie Megara ponownie zmieniła strony i dołączyła do Sparty. W ten sposób siły zostały wyrównane i spisano trzydziestoletni traktat pokojowy.

Traktat ten został zerwany, gdy neutralny Korynt znacznie wzmocnił swoją flotę i próbował ustanowić hegemonię w Zatoce Ambrakijskiej. W ramach wojny o Epidamnus Partia Demokratyczna wezwała na pomoc Korynt i arystokrację byłej korynckiej kolonii Kerkyra. Doprowadziło to do wojny między Koryntem a Kerkyrą o dominację na Morzu Jońskim. Korynt nadal wzmacniał swoją flotę, zagrażając Atenom, które straciłyby status największej potęgi morskiej. Ateny zawarły więc sojusz obronny z Kerkyrą. Korynt uznał to jednak za pogwałcenie pokoju z 446 r. p.n.e. i zwrócił się do Sparty.

Kolejnym problemem był spór w Poteidaii na półwyspie Chalkidiki. Poteidaia była sojusznikiem Aten, ale utrzymywała również dobre stosunki z Koryntem. Ateny wezwały Poteidaię do wydalenia korynckich urzędników i zburzenia fortyfikacji portowych. W rezultacie Poteidaia wycofała się ze stowarzyszenia morskiego. Pomimo wsparcia Koryntu, wkrótce potem została oblężona przez Ateńczyków.

Co więcej, w tym czasie Ateńskie Zgromadzenie Ludowe podjęło uchwałę o ustanowieniu blokady morskiej swoich portów z powodu sporu z Megarą. Megara poprosiła więc o pomoc swoich sojuszników, a mianowicie Spartę. Był to faktyczny początek wojny peloponeskiej.

Latem 432 r. p.n.e. Sparta została zaproszona do udziału w wojnie. Król Archidamus II nalegał na rozsądne rozwiązanie, ale zawiódł. Nastąpiło formalne wypowiedzenie wojny. Ateny miały słabszą armię lądową, ale chroniły ludność Attyki za "długimi murami", które w tamtych czasach były niezniszczalne. Miały też potężną flotę. Z drugiej strony Sparta miała wyraźną przewagę w wojskach lądowych.

Pierwsze starcie militarne zostało przeprowadzone przez sprzymierzonych Spartan, Tebańczyków, z atakiem na Plataea na początku 431 rpne.

Ateńczycy niechętnie angażowali się w starcia zbrojne na lądzie i starali się wykorzystać swoją flotę do atakowania nadmorskich miast Peloponezu i powolnego wyczerpywania Sparty poprzez blokowanie szlaków morskich. Sparta stosowała podobną taktykę, okresowo atakując Attykę, którą całkowicie spaliła, a następnie po kilku tygodniach wycofała swoje wojska. Próbowali zwabić Ateńczyków do otwartej bitwy.

Po śmierci Peryklesa rządy w Atenach przejęli Kleon i Nikiasz. Naciskali na dalsze rozszerzenie wsparcia dla biedniejszych klas ludzi, ponieważ znaczna część ludności Attyki była przez pewien czas zgromadzona w ateńskich fortyfikacjach, a ich dobytek pozostawiono na łasce Spartan. To jednak bardzo nadwyrężyło ateński budżet.

Nawet w kolejnych latach wojny nie było jasne, kto ma przewagę.

Jednak w 425 r. p.n.e. część armii ateńskiej pod dowództwem strategosa Demostenesa wylądowała na przylądku Pylos na zachodnim wybrzeżu Peloponezu i ufortyfikowała go. Spartańskie oblężenie zakończyło się niepowodzeniem, a dodatkowo 120 Spartiatów (elitarnych wojowników) zostało wziętych do niewoli w bitwie pod Sphakterią. Po tej ciężkiej porażce Sparta zaproponowała Atenom pokój. Porozumienie nie zostało potwierdzone, ponieważ Ateny zażądały niedopuszczalnych ustępstw terytorialnych.

Następnie Spartanie, obawiając się o los pojmanych żołnierzy, zrezygnowali z dalszych najazdów na Attykę. Skupili się na osłabianiu Aten poprzez atakowanie ich sojuszników.

W 424 r. p.n.e. Sparta wyruszyła na kampanię do Tracji. Przybywając na północ, Sparta zawarła sojusz z dotychczas neutralnym macedońskim królem Perdikkasem II. Dzięki temu wsparciu Spartanie przejęli kontrolę nad miastem Amfipolis, najważniejszym ateńskim przyczółkiem na północnym wybrzeżu Morza Egejskiego. Co więcej, w tym samym roku Ateny przegrały bitwę lądową z Tebami. W rezultacie Ateny miały duże trudności z ochroną dostaw zboża z Krymu oraz dostaw złota i drewna. Ateny zostały następnie podzielone między domaganie się silnego ciosu przeciwko Sparcie (Cleon) i domaganie się pojednania ze Spartą (Níkias).

W bitwie pod Amfipolis w 422 r. p.n.e. Spartanie odnieśli zwycięstwo, ale zarówno Kleon, jak i spartański watażka Brásidas polegli. Śmierć tych twardogłowych otworzyła drogę do traktatu pokojowego, nazwanego pokojem Nikiasa od nazwiska jego architekta.

W czasie pokoju Alcybiades przekonał Ateny do udania się na Sycylię, aby odciąć Spartę od dostaw zboża i rozszerzyć ateńską strefę wpływów. Jako pretekst posłużyła prośba Segesty o pomoc przeciwko Syrakuzom. Alcybiadesowi udało się wygrać tę wojnę, ale po powrocie do Aten miał zostać osądzony za rzekome zbezczeszczenie posągów boga Hermesa. Zamiast więc wrócić do Aten, stanął po stronie Sparty, co było początkiem końca Aten.

Nikiasz kontynuował oblężenie Syrakuz, ale nie był w stanie całkowicie ich okrążyć. Sparta wysłała do swojego sojusznika niewielki oddział żołnierzy, dowodzony przez doświadczonego Gylippusa. Próby zdobycia miasta przez Nikiasa nadal kończyły się niepowodzeniem, pomimo przybycia posiłków. Sytuacja nadal się pogarszała, aż flota ateńska została odcięta w Zatoce Syrakuz i ostatecznie zniszczona. W rezultacie Ateny musiały się wycofać, ale decyzja ta zapadła bardzo późno. I tak większość armii dostała się do niewoli, w której wielu z nich zginęło. Dowódcy Nikias i Demostenes zostali straceni.

Ateny zostały osłabione i chociaż siły pozostały zrównoważone, Sparta ogłosiła w 414 rpne. Pokój Nikiasa został zerwany. Następnie, korzystając z rady Alcybiadesa, zajęła miasto w 413 r. p.n.e. Dekeleię, strategicznie ważną wioskę w Attyce, która od tego momentu służyła Spartanom jako baza wypadowa do najazdów na tereny ateńskie. W ten sposób Ateny zostały trwale oblężone, co spowodowało ucieczkę niewolników, ale co ważniejsze, utratę dostaw z wyspy Euboea. Te musiały przybyć tylko drogą morską. Nawet armia musiała stale chronić długie mury, co wiązało znaczną liczbę żołnierzy do obrony miasta.

Ponadto Ateny wsparły lokalną rebelię w Azji Mniejszej w 414 r. p.n.e., która zantagonizowała Imperium Perskie. Persowie sprzymierzyli się ze Spartą, która scedowała na nich Azję Mniejszą, w zamian za co Persowie obiecali płacić im regularne płatności pieniężne. Dzięki tym pieniądzom Sparta zaczęła budować potężną flotę. Stopniowo stała się ona równie silna jak ateńska, ale żadna ze stron nie odniosła większego zwycięstwa. Stało się tak również dlatego, że Persowie byli zadowoleni z konfliktu i próbowali go przedłużyć, ponieważ osłabiło to obie strony, co było korzystne dla Persji.

Alcybiades postanowił nie służyć Sparcie w tym czasie i rozważał powrót do Aten. Tutaj jednak przygotowywano zamach stanu, który miał usunąć demokrację i wprowadzić oligarchię. Ta presja opłaciła się spiskowcom i ich cele zostały osiągnięte. Nie przyniosło to jednak pokoju ani ze Spartą, ani z Persją.

Co więcej, chociaż dowódcy byli zwolennikami oligarchii, na przykład wioślarze byli zwolennikami demokracji i odmówili poparcia nowej władzy. Tak więc po kilku miesiącach Rada Czterystu została rozwiązana. Alcybiades już wcześniej przeszedł do Partii Demokratycznej.

Po powrocie Alcybiadesa Ateny odniosły wiele zwycięstw. Po bitwie pod Kyzicus Sparta ponownie była gotowa zaakceptować pokój, ale Ateny (pod przywództwem Kleofonousa) odmówiły. Alcybiades, pomimo niedawnej ucieczki do Sparty, został wybrany na głównego strategosa z niemal nieograniczoną władzą.

Po stronie spartańskiej generał Lysandros nawiązał bliski kontakt z Persami i nakłonił ich do definitywnego zakończenia dotychczasowej ostrożnej polityki i zdecydowania się na pełne wsparcie Sparty. Efekt był odczuwalny niemal natychmiast, gdy Ateny zostały pokonane w bitwie pod Notią. Alcybiades został następnie usunięty ze stanowiska strategosa.

Ateny odniosły zwycięstwo w największej bitwie morskiej na wyspach Arginus, ale ponieważ zaniedbały ratowania tonących żeglarzy, doszło do słynnego Procesu Arginusa. W jego trakcie stracono kilku zwycięskich ateńskich strategów, pozbawiając Ateny doświadczonych dowódców.

W następnym roku Ateny upadły w bitwie pod Aigospotamoi. Ateny nie miały już floty, a Spartanie zdominowali morze. Ateny porzuciły również swoich sojuszników (z wyjątkiem wyspy Samos). Sparta zaatakowała Samos i Ateny drogą lądową i morską. Zostały one całkowicie zagłodzone i skapitulowały w 404 r. p.n.e.. Ateny zbyt późno zdały sobie sprawę, że powinny traktować swoich sojuszników jak równych sobie, a nie jak podwładnych.

"Po zaakceptowaniu warunków pokoju Lizandros wkroczył do Pireusu, a następnie z wielką ceremonią rozpoczęto burzenie murów przy akompaniamencie muzyki flecistów, ponieważ wierzono, że tego dnia rozpoczęła się wolność Hellenów".

Następnie ateńskie stowarzyszenie morskie zostało rozwiązane, flota została przekazana Sparcie i ostatecznie spalona. W Atenach ustanowiono prospartański rząd oligarchiczny złożony z trzydziestu tyranów, który został obalony w 403 r. p.n.e. Podobne rządy ustanowiono w innych greckich społecznościach. Korynt i Teby dążyły do całkowitego zniszczenia Aten, ale zostało to odrzucone przez Spartan, ponieważ to właśnie te dwie gminy najbardziej skorzystałyby na zniszczeniu Aten.

Sparta jednak również miała problem, gdyż obiecała poświęcić Azję Mniejszą Persji. To jednak nie wchodziło w grę, co zapoczątkowało wojnę Sparty z Imperium Perskim.