Długa i ciekawa historia greckiej wyspy Santorini to przede wszystkim fascynująca opowieść o odwiecznej walce człowieka z naturą. Wulkaniczny charakter wyspy wpłynął i oczywiście nadal wpływa na codzienne życie mieszkańców. Santoryńczyków nie zniechęciły jednak przeciwności losu i mimo silnej aktywności wulkanicznej, na wyspie osiedliło się kilka ważnych cywilizacji i ludów, pozostawiając niezatarte ślady w jej przeszłości.
Wulkaniczny charakter wyspy Santorini jest ważnym czynnikiem, który przyczynił się do jej długiej historii. Zdaniem ekspertów, samo pochodzenie wyspy Kalliste ("najpiękniejsza"), która według legendy o Argonautach i Eufemii pojawiła się "znikąd", jest prawdopodobnie związane z erupcją pobliskiego wulkanu.
Pierwsi mieszkańcy Thery zasiedlili wyspę w czasach prehistorycznych, około 4 tys. lat p.n.e. Jednak pierwszą poważną cywilizacją, która odcisnęła niezatarte piętno na historii wyspy byli tzw. Minojczycy, lud pochodzący z sąsiedniej wyspy Krety. Minojczycy osiedlili się w południowo-zachodniej części wyspy, w rejonie Akrotiri, między około 2000 a 1600 rokiem p.n.e. Wyspa Thera stała się w ten sposób częścią tzw. kultury minojskiej, która uważana jest za pierwszą zaawansowaną cywilizację w Europie.
Jednak w XVII wieku p.n.e. doszło do ogromnej katastrofy naturalnej. Wulkan Strongyli, od którego nazwę wzięła sama wyspa (Strongyli oznacza "okrągły"), pokazał swoją niewyobrażalną siłę. Erupcja dosłownie rozwaliła na kawałki całą wewnętrzną część wyspy, pozostawiając jedynie krawędzie krateru wulkanicznego.
Potężna erupcja spowodowała prawdopodobnie upadek całej cywilizacji minojskiej. Nawet dziś możemy jednak podziwiać jej znaczenie i dojrzałość, ponieważ po erupcji osada minojska w Akrotiri została przykryta popiołem wulkanicznym i pyłem, który zachował ją aż do odkrycia w 1967 roku. Na terenie obiektu czynne jest również muzeum archeologiczne. Wykopaliska w Akrotiri to z pewnością ciekawa wycieczka.
Do ważnych zabytków z okresu starożytnego należą pozostałości starożytnego miasta Thera. Miasto Thera było zamieszkane od IX w. p.n.e., kiedy to na wyspę przybyli koloniści ze Sparty i założyli nową osadę w trudno dostępnym terenie górskim, w pobliżu masywu skalnego Mesa Vouno. Miasto szybko się rozwijało i stało się ważnym ośrodkiem kulturalnym i handlowym wyspy. Ale to się skończyło w 726 r. n.e., kiedy nastąpiła erupcja wulkanu (czegoś w rodzaju). Tym razem erupcja była znacznie słabsza, ale i tak zniszczyła miasto, a mieszkańcy przenieśli się na wybrzeże wyspy. Artefakty znalezione w mieście są wystawione w Muzeum Archeologicznym Thery w stolicy Fira.
W późniejszych czasach kilka mocarstw przejęło Santorini. Najważniejszymi zdobywcami byli Rzymianie, którzy zajęli wyspę w XIII wieku, rozpoczynając erę panowania weneckiego. Rzymianie byli jedną z ówczesnych potęg morskich i nazwali wyspę Santorini od patronki wyspy, świętej Ireny. Z okresu weneckiego zachowało się wiele pięknych zabytkowych budynków, głównie o charakterze obronnym. W XVI wieku władzę nad wyspą sprawowali Turcy Osmańscy, aż w XIX wieku stała się ona ponownie częścią Grecji.
We współczesnej historii XX wieku wulkan był najgłośniejszy jeszcze raz, w 1956 roku. Niestety, jego erupcja była katastrofą dla całej wyspy - wybuch pochłonął wiele ofiar, zniszczył wiele miast i zabytków, a infrastruktura wyspy doznała znacznych uszkodzeń. W ten sposób życie na Santorini pogrążyło się o kilka stopni w dół, w okres trudów i ubóstwa. Wyspa zaczęła się odradzać dopiero w latach 70-tych, kiedy to lokalna gospodarka oparła się na rozwoju turystyki, a dziś jest jednym z najpopularniejszych miejsc turystycznych na świecie.